[日本語] English
万見
- PDB-1rbl: STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rbl
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301
要素(RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ...) x 2
キーワードLYASE / LYASE(CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / FORMIC ACID / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Newman, J. / Gutteridge, S. / Branden, C.-I. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure determination and refinement of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Synechococcus PCC6301.
著者: Newman, J. / Branden, C.I. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The X-Ray Structure of Synechococcus Ribulose Bisphosphate Carboxylase(Slash)Oxygenase Activated Quaternary Complex at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Newman, J. / Gutteridge, S.
履歴
登録1993年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX HELICES A, B, BB, C, AND D PRESENTED ON THE HELIX RECORD BELOW ARE THE HELICES OF THE N-TERMINAL DOMAIN.
Remark 700SHEET SHEET LN1 IS -2X, +1, +2X. THE DSSP RUN DID NOT INDICATE THAT STRAND 2 WAS INDEED A STRAND. ...SHEET SHEET LN1 IS -2X, +1, +2X. THE DSSP RUN DID NOT INDICATE THAT STRAND 2 WAS INDEED A STRAND. HOWEVER, THE A/B BARREL IS CLEARLY THAT, SO STRAND 2 IS INCLUDED AS A "REAL" STRAND. SHEET SS1 IS +1,-2X,-1. THE SHEET PRESENTED AS *LC1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
M: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
B: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
I: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
C: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
N: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
D: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
J: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
E: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
O: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
F: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
K: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
G: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
P: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
H: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
L: RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,79940
ポリマ－518,38816
非ポリマー3,41224
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)223.900, 111.900, 199.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 176
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.055254, 0.991591, 0.117024), (0.991747, -0.068084, 0.108639), (0.115693, 0.110056, -0.987169)58.517, -60.7791, -12.3183
2given(-0.001556, 0.994481, 0.10491), (-0.993326, 0.010562, -0.114852), (-0.115326, -0.104388, 0.987827)63.2441, 104.7247, 11.962
3given(0.99839, -0.056422, 0.005795), (-0.056413, -0.998406, -0.001652), (0.005879, 0.001323, -0.999982)1.3587, 47.2797, -0.7736
4given(-0.999944, 0.000591, -0.010574), (0.001717, -0.976187, -0.216926), (-0.010451, -0.216932, 0.976131)168.35741, 41.8985, 5.4785
5given(-0.055113, -0.992904, -0.105381), (-0.993265, 0.043745, 0.107292), (-0.10192, 0.110584, -0.988627)109.876, 104.0256, 5.968
6given(-0.000233, -0.99328, -0.115738), (0.99467, 0.011703, -0.10244), (0.103106, -0.115145, 0.987983)105.2909, -62.7286, -6.2316
7given(-0.998513, 0.054364, 0.004006), (0.053928, 0.974438, 0.218086), (0.007953, 0.217978, -0.975921)167.1207, -3.8899, -5.5733
詳細THESE ARE THE ROTATION/TRANSLATION COMPONENTS TO MAP AN LS MONOMER (AM) ONTO THE REST OF THE MOLECULE. THESE MATRICES WERE OBTAINED FROM X-PLOR AFTER REFINEMENT OF THE WHOLE L8S8 920710. MTRIX 1 TAKES AM TO BI. MTRIX 2 TAKES AM TO CN. MTRIX 3 TAKES AM TO DJ. MTRIX 4 TAKES AM TO EO. MTRIX 5 TAKES AM TO FK. MTRIX 6 TAKES AM TO GP. MTRIX 7 TAKES AM TO HL.

-
要素

-
RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ... , 2種, 16分子 ABCDEFGHMINJOKPL

#1: タンパク質
RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)


分子量: 51872.836 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 6301 / 参照: UniProt: P00880, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)


分子量: 12925.646 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 6301 / 参照: UniProt: P04716, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 308分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: RBL_ ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: RBL_SYNP6 SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE PRO 38 ARG A 41 VAL 39 PHE A 42 GLN 88 ALA A 91 ARG 353 ALA A 356 ASP 64 ALA M 76 LYS 66 ALA M 78 SER 67 ALA M 79 GLN 97 GLU M 109 VAL 101 SER M 113

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Newman, J., (1990) J. Biol. Chem., 265, 15154. / PH range low: 7 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130-40 mg/mlenzyme solution1drop
212-16 %PEG40001drop
325 mMphosphate1drop
41 mM1dropNaN3
512-16 %PEG40001reservoir
625 mMphosphate1reservoir
71 mM1reservoirNaN3

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 218276 / % possible obs: 86.2 % / Num. measured all: 852051 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.26 Å / % possible obs: 51.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 2.2 Å
詳細: THERE ARE SEVEN NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS, AND THESE MUST BE USED TO GENERATE THE ENTIRE L8S8 MOLECULE. THE FORMAT OF THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS IS FROM X-PLOR, THUS THE ...詳細: THERE ARE SEVEN NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS, AND THESE MUST BE USED TO GENERATE THE ENTIRE L8S8 MOLECULE. THE FORMAT OF THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS IS FROM X-PLOR, THUS THE SYMMETRY RELATED CHAINS ARE GENERATED BY R'=R*R + T, R=ROTATION MATRIX, T=TRANSLATION.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36496 0 200 292 36988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 218276 / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る