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万見
- PDB-1rav: RECOMBINANT AVIDIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rav
タイトルRECOMBINANT AVIDIN
要素AVIDIN
キーワードGLYCOPROTEIN / AVIDIN / BIOTIN BINDING PROTEIN / CALYCINS / UP-AND-DOWN BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rosano, C. / Arosio, P. / Bolognesi, M.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Biochemical characterization and crystal structure of a recombinant hen avidin and its acidic mutant expressed in Escherichia coli.
著者: Nardone, E. / Rosano, C. / Santambrogio, P. / Curnis, F. / Corti, A. / Magni, F. / Siccardi, A.G. / Paganelli, G. / Losso, R. / Apreda, B. / Bolognesi, M. / Sidoli, A. / Arosio, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Apo-Avidin from Hen Egg-White
著者: Pugliese, L. / Malcovati, M. / Coda, A. / Bolognesi, M.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structures of Avidin and the Avidin-Biotin Complex
著者: Livnah, O. / Bayer, E.A. / Wilchek, M. / Sussman, J.L.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tetragonal Crystal Form of Egg-White Avidin in its Functional Complex with Biotin at 2.7 A Resolution
著者: Pugliese, L. / Coda, A. / Malcovati, M. / Bolognesi, M.
履歴
登録1998年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AVIDIN
B: AVIDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5822
ポリマ－28,5822
非ポリマー00
水1,44180
1
A: AVIDIN
B: AVIDIN

A: AVIDIN
B: AVIDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1644
ポリマ－57,1644
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.690, 80.790, 43.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 AVIDIN


分子量: 14291.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02701
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% W/V PEG 8000. PH 7.2 0.05 M TRIS BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
29 %mass/vPEG80001drop
30.05 MTris-HCl1droppH7.2
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.05 Msodium phosphate1reservoirpH5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.5 Å / Num. obs: 13827 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.7 Å / % possible all: 93.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 48932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVE

1ave


解像度: 2.2→20.2 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
all0.17 13480 -
obs-13480 95 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.77 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 0 80 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01619944.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.61126967.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.53811940
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.017485.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01828821.9
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.466199417
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0624112
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.5380
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0175.5
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01821.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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