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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rar | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A FLUORESCENT DERIVATIVE OF RNASE A | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE(NUCLEIC ACID / RNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Baudet-Nessler, S. / Jullien, M. / Crosio, M.-P. / Janin, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of a fluorescent derivative of RNase A. 著者: Baudet-Nessler, S. / Jullien, M. / Crosio, M.P. / Janin, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1981 タイトル: Fluorescent Probe of Ribonuclease A Conformation 著者: Jullien, M. / Garel, J.-R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rar.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rar.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rar_validation.pdf.gz | 435.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rar_full_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rar_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rar_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rar | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 93 / 2: CIS PROLINE - PRO 114 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13579.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AEN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE FLUORESCEN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 11273 / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 33373 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / Rfactor obs: 0.172 詳細: REFINEMENT WAS STARTED FROM THE ISOMORPHOUS STRUCTURE OF THE SEMISYNTHETIC (1-118:111-124(D121A)). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 10540 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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