PDB-1r9v: NMR Structure of a D,L-Alternating Dodecamer of Norleucine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r9v

タイトル

NMR Structure of a D,L-Alternating Dodecamer of Norleucine

要素

BOC-(D-NLE-L-NLE)4-D-NLE(METHYL)-L-NLE-D-NLE-L-NLE METHYL ESTER

キーワード

DE NOVO PROTEIN / BETA HELIX / ION CHANNEL

機能・相同性

BOC-(D-NLE-L-NLE)4-D-NLE(METHYL)-L-NLE-D-NLE-L-NLE METHYL ESTER

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Navarro, E. / Celda, B.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2001
タイトル: Solution NMR Structure of a D,L-Alternating Oligonorleucine as a Model of Beta-Helix
著者: Navarro, E. / Tejero, R. / Fenude, E. / Celda, B.

履歴

登録	2003年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.4	2022年2月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r9v.cif.gz	27.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r9v.ent.gz	19.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r9v_validation.pdf.gz	304.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r9v_full_validation.pdf.gz	318.2 KB	表示
XML形式データ	1r9v_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	1r9v_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/1r9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/1r9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bz7-d 7bza-d 2ifj-d 2ifz-d 4k7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BOC-(D-NLE-L-NLE)4-D-NLE(METHYL)-L-NLE-D-NLE-L-NLE METHYL ESTER

1.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 25	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	BOC-(D-NLE-L-NLE)4-D-NLE(METHYL)-L-NLE-D-NLE-L-NLE METHYL ESTER タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1504.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D,L-Alternating sequence as in Gramicidin A 参照: BOC-(D-NLE-L-NLE)4-D-NLE(METHYL)-L-NLE-D-NLE-L-NLE METHYL ESTER

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D ROESY

-
試料調製

詳細	内容: 5.5 mM ; chloroform-d / 溶媒系: chloroform-d
試料状態	圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 400 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Discover	2.9.7	BIOSYM	構造決定
Discover	2.9.7	BIOSYM	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures based in 38 distance restraints deduced from NOE NMR data, 16 are backbone restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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