PDB-1r8h: Comparison of the structure and DNA binding properties of the E2 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r8h

タイトル

Comparison of the structure and DNA binding properties of the E2 proteins from an oncogenic and a non-oncogenic human papillomavirus

要素

Regulatory protein E2

キーワード

TRANSCRIPTION / REPLICATION / Anti-parallel beta-barrel / DNA-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dell, G. / Wilkinson, K.W. / Tranter, R. / Parish, J. / Brady, R.L. / Gaston, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Comparison of the structure and DNA-binding properties of the E2 proteins from an oncogenic and a non-oncogenic human papillomavirus.
著者: Dell, G. / Wilkinson, K.W. / Tranter, R. / Parish, J. / Leo Brady, R. / Gaston, K.

履歴

登録	2003年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT SEQUENCING OF A NUMBER OF RELATED VIRUSES SHOWS THAT THE AMINO ACID ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r8h.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r8h.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r8h_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r8h_full_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示
XML形式データ	1r8h_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	1r8h_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5d18-d 2h5f-d 4ldf-3 1ox9-3 2kod-d 4etz-2 5wwf-1 3on2-1 6rpo-d 1ox9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein E2

B: Regulatory protein E2

C: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

E: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

62.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Regulatory protein E2

E: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 2 ポリマー
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4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

5

A: Regulatory protein E2

B: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 2 ポリマー
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6

E: Regulatory protein E2

F: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
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7

C: Regulatory protein E2

D: Regulatory protein E2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.664, 71.664, 195.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 281 - 366 / Label seq-ID: 1 - 87

Dom-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	5	A	A
1	2	5	B	B
2	1	4	C	C
2	2	4	F	F
3	1	4	D	D
3	2	4	E	E

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Regulatory protein E2 分子量: 10240.854 Da / 分子数: 6 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 6a (パピローマウイルス) 属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 6 / 遺伝子: E2 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q84294
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.69 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, sodium chloride, sodium hepes, beta-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	2.5 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 %	beta-mercaptoethanol	1	drop
3	0.02 %(w/v)	sodium azide	1	drop
4	1-2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
5	0.1 M		1	reservoir	NaCl
6	0.1 M	HEPES	1	reservoir		pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 45471 / Num. obs: 42743 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 58.8
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs*: 0.044
反射シェル	PLUS % possible obs: 58.8 % / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs*: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 4.009 / SU ML: 0.115 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25779	2086	5 %	RANDOM
R_work	0.19141	-	-	-
all	0.19472	42187	-	-
obs	0.1947	39394	93.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.08 Å²	-1.04 Å²	0 Å²
2-	-	-2.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4672	0	70	383	5125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.918	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.781	3	9481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.104	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.135	1.5	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.016	2	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.632	3	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.119	4.5	1906

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	530	medium positional	0.14	0.5
1	2	C	1616	medium positional	0.28	0.5
1	3	D	1306	medium positional	0.21	0.5
1	1	A	819	loose positional	0.46	5
2	1	A	530	medium thermal	0.39	2
2	2	C	1616	medium thermal	0.35	2
2	3	D	1306	medium thermal	0.38	2
2	1	A	819	loose thermal	0.95	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.293	139
R_work	0.259	1992

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.2628 / R_factor R_work: 0.2031

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.691

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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