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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r8e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BmrR Bound to DNA at 2.4A Resolution | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / MERR-FAMILY TRANSCRIPTION ACTIVATOR / MULTIDRUG-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newberry, K.J. / Brennan, R.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural mechanism for transcription activation by MerR family member multidrug transporter activation, N terminus. 著者: Newberry, K.J. / Brennan, R.G. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the transcription activator BmrR bound to DNA and a drug 著者: Heldwein, E.E. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 896.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 909 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generate by the operations: x, -y, 1/2 - z |
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要素
-DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: DNA鎖 | 分子量: 7058.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 32621.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 148分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/P4P.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P4P.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-P4P / | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.55 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月22日 / 詳細: single crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→86.39 Å / Num. all: 33967 / Num. obs: 33613 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EXJ 解像度: 2.4→86.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.6217 Å2 / ksol: 0.349872 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→86.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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