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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r8d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MtaN Bound to DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription/DNA / protein-DNA complex / Transcription-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Newberry, K.J. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: The structural mechanism for transcription activation by MerR family member multidrug transporter activation, N terminus. 著者: Newberry, K.J. / Brennan, R.G. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of MtaN, a global multidrug transporter gene activator 著者: Godsey, M.H. / Baranova, N.N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r8d.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r8d.ent.gz | 62.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/1r8d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7975.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 7998.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 12861.807 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal truncation mutant of mta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mta / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71039 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 1450, lithium sulfate, PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→35.8 Å / Num. all: 21954 / Num. obs: 21769 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 73.7 Å2 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3136 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.0408 Å2 / ksol: 0.297524 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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