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- PDB-1r7w: NMR STRUCTURE OF THE R(GGAGGACAUCCCUCACGGGUGACCGUGGUCCUCC), DOMAI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r7w
タイトルNMR STRUCTURE OF THE R(GGAGGACAUCCCUCACGGGUGACCGUGGUCCUCC), DOMAIN IV STEM-LOOP B OF ENTEROVIRAL IRES WITH AUCCCU BULGE
要素34-MER
キーワードRNA / STEM-AND-LOOP STRUCTURE / SIX-NUCLEOTIDE BULGE / GUGA TETRALOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / FULL MATRIX RELAXATION ANALYSIS OF NOE, RANDOM ERROR ANALYSIS OF NOE, SIMULATED ANNEALING USING RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Du, Z. / Ulyanov, N.B. / Yu, J. / James, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: NMR Structures of Loop B RNAs from the Stem-Loop IV Domain of the Enterovirus Internal Ribosome Entry Site: A Single C to U Substitution Drastically Changes the Shape and Flexibility of RNA(,).
著者: Du, Z. / Ulyanov, N.B. / Yu, J. / Andino, R. / James, T.L.
履歴
登録2003年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 34-MER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8981
ポリマ－10,8981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST TOTAL ENERGY (A WEIGHTED SUM OF CONFORMATIONAL ENERGY AND RESTRAINT ENERGY)
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 34-MER


分子量: 10897.511 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN IV, LOOP B / 変異: SEQUENCE VARIANT WITH THE AUCCCU BULGE / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
232DQF-COSY
2433D 13C-separated NOESY
2571H-13C CONSTANT TIME HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM unlabeled RNA, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM unlabeled RNA, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), D2OD2O
31mM of uniformly labeled RNA with 13C, 15N, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM of uniformly labeled RNA with 13C, 15N, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), D2OD2O
51mM of RNA labeled in residues A and U with 13C, 15N, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), D2OD2O
61mM of RNA labeled in residues C with 13C, 15N, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), D2OD2O
71mM of uniformly labeled RNA with 13C, 15N, 25mM NaCl, 25mM sodium phosphate buffer (pH 6.5), 5% (weight/volume) of C12E6/n-hexanol mixture (molar ratio 0.64), D2OD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM Na+ ions 6.5ambient 283 K
250 mM Na+ ions 6.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Associates, Inc.collection
NMRPipe2.1F.Delaglio解析
MARDIGRAS3.2T.L.Jamesiterative matrix relaxation
DYANA1.5P.Guntert精密化
Amber7D.A.Case精密化
精密化手法: FULL MATRIX RELAXATION ANALYSIS OF NOE, RANDOM ERROR ANALYSIS OF NOE, SIMULATED ANNEALING USING RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE REFINED BASED ON 575 NOE-DERIVED DISTANCES AND 86 RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TOTAL ENERGY (A WEIGHTED SUM OF CONFORMATIONAL ENERGY AND RESTRAINT ENERGY)
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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