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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r7o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of apo-mannanase 26A from Psudomonas cellulosa | ||||||
要素 | mannanase A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / endo beta1-4 mannanase / mannanase 26A / mannan degrading enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucomannan metabolic process / galactomannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cellvibrio japonicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A.J. / Wilce, M.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural investigation of Mannanase 26A from Pseudomonas cellulosa reveals an induced fit mechanism and a non-substrate ligand binding site 著者: Oakley, A.J. / Wilce, M.C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r7o.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r7o.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r7o_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r7o_full_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r7o_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r7o_validation.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/1r7o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1j9yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44586.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア) 遺伝子: Man26A / プラスミド: pDB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49424, mannan endo-1,4-beta-mannosidase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-MES / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月1日 / 詳細: TRIANGULAR MONOCHROMATOR AND BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.84 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→91.29 Å / Num. all: 40381 / Num. obs: 40381 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Rmerge(I) obs: 0.077 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1J9Y 解像度: 1.85→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.775 / SU ML: 0.055 / Isotropic thermal model: Isotropic/Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.753 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→91.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
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