PDB-1r6y: Crystal structure of YgiN from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r6y

タイトル

Crystal structure of YgiN from Escherichia coli

要素

Protein ygiN

キーワード

Structural genomics / Unknown function / hypothetical protein / functional annotation / ferredoxin-like fold / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

response to acidic pH / 酸化還元酵素 / catalytic activity / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Adams, M.A. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and biochemical evidence for an enzymatic quinone redox cycle in Escherichia coli: identification of a novel quinol monooxygenase.
著者: Adams, M.A. / Jia, Z.

履歴

登録	2003年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r6y.cif.gz	38.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r6y.ent.gz	26.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r6y_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r6y_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	1r6y_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	1r6y_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tuvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iuj-d 5a5y-1 2cbz-d 4hl9-3 4hl9-4 4hl9-1 1wef-d 5b1c-1 1weg-d 5uqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: YGIN_ECOLI

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein ygiN

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein ygiN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.057, 102.057, 102.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Protein ygiN 分子量: 12904.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40718, UniProt: P0ADU2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Ammonium Sulphate, Tri-Sodium Citrate, Sodium/Potassium Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F1	1	1.199998
シンクロトロン	NSLS	X9A	2	0.979383, 0.979228, 0.971708

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2002年4月25日
MARRESEARCH	2	CCD	2003年4月11日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Rh-coated Si Mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.199998	1
2	0.979383	1
3	0.979228	1
4	0.971708	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 9700 / Num. obs: 9700 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 3.944 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24948	467	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20842	-	-	-
all	0.21031	9700	-	-
obs	0.21031	9700	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	797	0	0	185	982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.04	0.021	814
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.33	1.942	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	3	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.951	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.202	161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.102	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.445	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.062	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.666	1.5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.012	2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.66	3	300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.551	4.5	272

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.222	40
R_work	0.231	646

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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