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- PDB-1r6w: Crystal structure of the K133R mutant of o-Succinylbenzoate synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6w
タイトルCrystal structure of the K133R mutant of o-Succinylbenzoate synthase (OSBS) from Escherichia coli. Complex with SHCHC
要素o-Succinylbenzoate Synthase
キーワードLYASE / Enolase superfamily / TIM barrel / capping alpha+beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / menaquinone biosynthetic process / hydro-lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
MenC, N-terminal domain / OSBS, enolase-like N-terminal domain / o-Succinylbenzoate synthase, MenC type1 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...MenC, N-terminal domain / OSBS, enolase-like N-terminal domain / o-Succinylbenzoate synthase, MenC type1 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-164 / o-succinylbenzoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Taylor Ringia, E.A. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Evolution of Enzymatic Activity in the Enolase Superfamily: Structural and Mutagenic Studies of the Mechanism of the Reaction Catalyzed by o-Succinylbenzoate Synthase from Escherichia coli
著者: Klenchin, V.A. / Taylor Ringia, E.A. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2003年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: o-Succinylbenzoate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0303
ポリマ－35,7661
非ポリマー2652
水6,197344
1
A: o-Succinylbenzoate Synthase
ヘテロ分子

A: o-Succinylbenzoate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0606
ポリマ－71,5312
非ポリマー5294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.2, 82.9, 56.2
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 o-Succinylbenzoate Synthase / E.C.4.2.1.- / OSB synthase / OSBS / 4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase / O-succinylbenzoic acid synthase


分子量: 35765.734 Da / 分子数: 1 / 変異: K133R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29208, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-164 / 2-(3-CARBOXYPROPIONYL)-6-HYDROXY-CYCLOHEXA-2,4-DIENE CARBOXYLIC ACID / 2-(3-カルボキシプロピオニル)-6β-ヒドロキシシクロヘキサ-2,4-ジエン-1α-カルボン酸


分子量: 240.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: The K133R mutant of OSBS was concentrated to 15 mg/ml, dialyzed against 5 mM Tris pH 8.3 containing 2 mM MgCl2, drop frozen as small pellets in liquid nitrogen and stored at -80 C. Crystals ...詳細: The K133R mutant of OSBS was concentrated to 15 mg/ml, dialyzed against 5 mM Tris pH 8.3 containing 2 mM MgCl2, drop frozen as small pellets in liquid nitrogen and stored at -80 C. Crystals were grown at 20 C by small-scale batch experiments by combining 15 ml of protein solution and 15 ml of a solution containing 12-13% MePEG 5000, 100 mM sodium acetate, 60 mM MgCl2, at pH 5.5. SHCHC was included in the crystallization at a final concentration of approximately 2.5 mM., microbatch, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein11
25 mMTris-HCl11pH8.3
32 mM11MgCl2
412-13 %MePEG500011
5100 mMsodium acetate11
660 mM11pH5.5MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.979 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→31 Å / Num. all: 43694 / Num. obs: 43694 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 17.1 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最低解像度: 31.3 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.05 % / Num. measured all: 307914
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fhv

1fhv


解像度: 1.62→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.489 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20024 2190 5 %RANDOM
Rwork0.16743 ---
all0.16911 41456 --
obs0.1691 41456 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 18 344 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9733478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23735497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5735318
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.22695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23621602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16232572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0574.5952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7326906
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.246 149
Rwork0.195 2994
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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