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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r6m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of The tRNA Processing Enzyme Rnase pH From Pseudomonas Aeruginosa In Complex With Phosphate | ||||||
![]() | Ribonuclease PH | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BETA-ALPHA-BETA-ALPHA FOLD / HEXAMER / PHOSPHATE BOUND | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA nucleotidyltransferase / tRNA nucleotidyltransferase activity / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / : / rRNA catabolic process / tRNA processing / rRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / tRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choi, J.M. / Park, E.Y. / Kim, J.H. / Chang, S.K. / Cho, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the functional importance of the hexameric ring structure of RNase PH 著者: Choi, J.M. / Park, E.Y. / Kim, J.H. / Chang, S.K. / Cho, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations; ( -y, x-y, z ), (-x+y, -x, z), (y, x, -z), (x-y, -y , -z) and (-x, -x+y, -z) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25683.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Ammonium phosphate, citrate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1272 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 120641 / Num. obs: 18518 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 120641 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.332 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: difference Fourier / 解像度: 2→24.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 755476.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.0311 Å2 / ksol: 0.366637 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.227 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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