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- PDB-3b4t: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RNase PH, the Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4t
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis RNase PH, the Mycobacterium tuberculosis Structural Genomics Consortium target Rv1340
要素Ribonuclease PH
キーワードTRANSFERASE / RNase / tRNA nucleotidyltransferase / ribonuclease / RPHA / Structural Genomics / TBSGC / Mycobacterium tuberculosis Structural Genomics Consortium / tRNA processing / TB Structural Genomics Consortium / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA nucleotidyltransferase / tRNA nucleotidyltransferase activity / rRNA catabolic process / tRNA processing / rRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / tRNA binding / RNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease PH, bacterial-type / Ribonuclease PH, conserved site / Ribonuclease PH signature. / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily ...Ribonuclease PH, bacterial-type / Ribonuclease PH, conserved site / Ribonuclease PH signature. / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribonuclease PH / Ribonuclease PH
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Antczak, A.J. / Berger, J.M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.1 A Crystal structure of RNase PH from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Antczak, A.J. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Berger, J.M.
履歴
登録2007年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease PH
B: Ribonuclease PH
C: Ribonuclease PH
D: Ribonuclease PH
E: Ribonuclease PH
F: Ribonuclease PH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,73716
ポリマ－165,7886
非ポリマー95010
水19,9431107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.529, 152.406, 83.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease PH / RNase PH / tRNA nucleotidyltransferase


分子量: 27631.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: rph, rphA, Rv1340, MT1381, MTCY130.25, MTCY02B10.04
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold
参照: UniProt: Q10628, UniProt: P9WGZ7*PLUS, tRNA nucleotidyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG 2000, 0.1M MOPS pH 7.5, 0.085M NaH2PO4, 0.085M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月2日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→78.811 Å / Num. obs: 399198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.09→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R6M

1r6m


解像度: 2.1→39.69 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 4614 5.01 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all-92126 --
obs-92126 91.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8368 Å2-0 Å2-7.3702 Å2
2---6.1408 Å2-0 Å2
3----3.6961 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10649 0 50 1107 11806
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 139 -
Rwork0.309 --
obs--80.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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