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- PDB-1r6d: Crystal Structure of DesIV double mutant (dTDP-glucose 4,6-dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r6d
タイトルCrystal Structure of DesIV double mutant (dTDP-glucose 4,6-dehydratase) from Streptomyces venezuelae with NAD and DAU bound
要素TDP-glucose-4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Dehydratase / Rossmann Fold / Short-Chain Dehydrogenase/Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Allard, S.T.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2004
タイトル: High Resolution X-ray Structure of dTDP-Glucose 4,6-Dehydratase from Streptomyces venezuelae
著者: Allard, S.T.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
履歴
登録2003年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月23日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7263
ポリマ-36,4981
非ポリマー1,2282
6,684371
1
A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子

A: TDP-glucose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4516
ポリマ-72,9962
非ポリマー2,4564
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)71.700, 99.400, 42.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer, contructed from chain A (a symmetry partner generated by the two-fold).

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要素

#1: タンパク質 TDP-glucose-4,6-dehydratase / E.C.4.2.1.46 / dTDP-glucose 4 / 6-dehydratase


分子量: 36497.918 Da / 分子数: 1 / 変異: D128N/E129Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: DesIV / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)PLysS / 参照: UniProt: Q9ZGH3, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DAU / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-グルコピラノシル)


分子量: 564.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C16H26N2O16P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch macro-seeding / pH: 6.5
詳細: Peg 8000, magnesium chloride, cacodylate, pH 6.5, Batch macro-seeding, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mMdTDP-glucose1drop
320 %PEG80001reservoir
4200 mMmagnesium acetate tetrahydrate1reservoir
5100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年8月13日 / 詳細: Gobel focusing optics
放射モノクロメーター: GOEBEL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 61664 / Num. obs: 61664 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.41 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6573 / Rsym value: 0.223 / % possible all: 81
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 % / Num. unique obs: 6573 / Rmerge(I) obs: 0.223

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
XSCALIBREデータ削減
AMoRE位相決定
TNT精密化
XSCALIBREデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R66
解像度: 1.35→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 6187 -RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.176 61664 --
obs0.176 61664 91.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 80 371 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 55477
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg15.3
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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