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万見
- PDB-1r5s: Connexin 43 Carboxyl Terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5s
タイトルConnexin 43 Carboxyl Terminal Domain
要素Gap junction alpha-1 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cx43CT
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Regulation of gap junction activity / positive regulation of cell communication by chemical coupling / Gap junction assembly / positive regulation of glomerular filtration / RHOQ GTPase cycle / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of striated muscle tissue development / milk ejection reflex ...vascular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Regulation of gap junction activity / positive regulation of cell communication by chemical coupling / Gap junction assembly / positive regulation of glomerular filtration / RHOQ GTPase cycle / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of striated muscle tissue development / milk ejection reflex / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / atrial ventricular junction remodeling / cell communication by chemical coupling / cell communication by electrical coupling / positive regulation of behavioral fear response / chronic inflammatory response / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / regulation of cell communication by electrical coupling / neuroblast migration / gap junction hemi-channel activity / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / negative regulation of trophoblast cell migration / monoatomic ion transmembrane transporter activity / microtubule-based transport / ATP transport / regulation of bone remodeling / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / positive regulation of meiotic nuclear division / contractile muscle fiber / glutathione transmembrane transporter activity / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / endothelium development / gap junction assembly / cellular response to pH / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / regulation of actin filament organization / response to fluid shear stress / Golgi-associated vesicle membrane / connexin complex / fascia adherens / cell-cell contact zone / gap junction / bone remodeling / skeletal muscle tissue regeneration / negative regulation of DNA biosynthetic process / gap junction channel activity / export across plasma membrane / cell-cell junction organization / adult heart development / connexin binding / regulation of bone mineralization / embryonic heart tube development / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / glutamate secretion / response to pH / tight junction / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / blood vessel morphogenesis / lens development in camera-type eye / intermediate filament / xenobiotic transport / embryonic digit morphogenesis / regulation of heart contraction / positive regulation of stem cell proliferation / heart looping / beta-tubulin binding / efflux transmembrane transporter activity / negative regulation of endothelial cell proliferation / establishment of mitotic spindle orientation / regulation of calcium ion transport / decidualization / intercalated disc / lateral plasma membrane / response to glucose / response to retinoic acid / T cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / multivesicular body / protein tyrosine kinase binding / tubulin binding / neuron projection morphogenesis / T cell activation / response to ischemia / PDZ domain binding / regulation of transmembrane transporter activity / neuron migration / bone development / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of cell growth / transmembrane transport / response to peptide hormone
類似検索 - 分子機能
Connexin43 / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain ...Connexin43 / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Sorgen, P.L. / Duffy, H.S. / Mario, D. / Sahoo, P. / Coombs, W. / Delmar, M. / Spray, D.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural changes in the carboxyl terminus of the gap junction protein connexin43 indicates signaling between binding domains for c-Src and zonula occludens-1
著者: Sorgen, P.L. / Duffy, H.S. / Sahoo, P. / Coombs, W. / Delmar, M. / Spray, D.C.
履歴
登録2003年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2171
ポリマ－14,2171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Gap junction alpha-1 protein / Connexin 43 / Cx43 / Gap junction 43 kDa heart protein


分子量: 14217.435 Da / 分子数: 1 / 断片: Carboxyl Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GJA1 OR CXN-43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08050

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D homonuclear techniques

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試料調製

詳細内容: 1.5mM Cx43CT U-15N,13C, PBS / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: PBS / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 280 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, et al.構造決定
NMRPipe7.2Delaglio, et al.解析
CNS1.1Brunger, et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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