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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5c | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swapping dimer with d(CpA) | ||||||
要素 | Ribonuclease, seminal | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ribonucleases / protein dynamics / protein structure-function / ligand binding / population shift / 3D domain swapping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / metabolic process / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004 タイトル: Population shift vs induced fit: The case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer 著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Binding of a Substrate Analog to a Domain Swapping Protein: X-Ray Structure of the Complex of Bovine Seminal Ribonuclease with Uridylyl(2'-5')Adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1996 タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions 著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease 著者: VITAGLIANO, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #5: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1999 タイトル: Crystallization of Multiple Forms of Bovine Seminal Ribonuclease: the liganded and Unliganded State | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r5c.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r5c.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r5c_validation.pdf.gz | 453.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r5c_full_validation.pdf.gz | 453.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r5c_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r5c_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4 詳細: 62-64% saturation ammonium sulfate, 8-10% 2-methyl-2,4-pentandiol, dinucleotide-protein molar ratio of 8:1, pH 5.4, MICRO-BATCH, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 13184 / Num. obs: 13184 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 2.1→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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