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- PDB-1r5c: X-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5c
タイトルX-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swapping dimer with d(CpA)
要素Ribonuclease, seminal
キーワードHYDROLASE / ribonucleases / protein dynamics / protein structure-function / ligand binding / population shift / 3D domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPA / Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004
タイトル: Population shift vs induced fit: The case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer
著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE: STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION
著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Binding of a Substrate Analog to a Domain Swapping Protein: X-Ray Structure of the Complex of Bovine Seminal Ribonuclease with Uridylyl(2'-5')Adenosine
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#3: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1996
タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions
著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease
著者: VITAGLIANO, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#5: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1999
タイトル: Crystallization of Multiple Forms of Bovine Seminal Ribonuclease: the liganded and Unliganded State
履歴
登録2003年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease, seminal
B: Ribonuclease, seminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3464
ポリマ－27,2652
非ポリマー1,0812
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.540, 60.020, 83.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease, seminal / Seminal RNase / S-RNase / Ribonuclease BS-1


分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-CPA / 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 540.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N8O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4
詳細: 62-64% saturation ammonium sulfate, 8-10% 2-methyl-2,4-pentandiol, dinucleotide-protein molar ratio of 8:1, pH 5.4, MICRO-BATCH, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月10日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 13184 / Num. obs: 13184 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BSR

1bsr


解像度: 2.1→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.242 615 RANDOM
Rwork0.19 --
all0.2 12521 -
obs0.193 12054 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 74 91 2047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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