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万見
- PDB-1r5a: Glutathione S-transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r5a
タイトルGlutathione S-transferase
要素glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione S-transferase / GST / Glutathione / GSH / MOSQUITO / DETOXIFICATION / XENOBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / GLUTATHIONE SULFONIC ACID / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles cracens (カ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oakley, A.J.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Identification, characterization and structure of a new Delta class glutathione transferase isoenzyme.
著者: Udomsinprasert, R. / Pongjaroenkit, S. / Wongsantichon, J. / Oakley, A.J. / Prapanthadara, L.A. / Wilce, M.C. / Ketterman, A.J.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: The crystal structures of glutathione S-transferases isozymes 1-3 and 1-4 from Anopheles dirus species B.
著者: Oakley, A.J. / Harnnoi, T. / Udomsinprasert, R. / Jirajaroenrat, K. / Ketterman, A.J. / Wilce, M.C.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年10月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6105
ポリマ－25,0641
非ポリマー5464
水79344
1
A: glutathione transferase
ヘテロ分子

A: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,22010
ポリマ－50,1282
非ポリマー1,0928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)122.129, 122.129, 74.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1008-

HOH

21A-1022-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: X, -Y + 1/2, -Z +1/4

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要素

#1: タンパク質 glutathione transferase / glutathione S-transferase 1-5


分子量: 25063.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles cracens (カ) / 遺伝子: adGST1-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GQG7, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-GTS / GLUTATHIONE SULFONIC ACID / グルタチオンスルホン酸


分子量: 355.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O9S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.75M lithium sulfate, 0.1M potassium phosphate, 1mM Copper (II) chloride, 10mM glutathione-sulfonic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.6-2 M1reservoirLi2SO4
21 mM1reservoirCuCl2
3100 mMsodium phosphate1reservoirpH6.5-7.5
413.1 mg/mlprotein1drop
510 mMglutathione sulphonic acid1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月1日 / 詳細: Nickle mirrors
放射モノクロメーター: Nickle mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 10052 / Num. obs: 9605 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1101 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 37582
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Num. unique obs: 963 / Num. measured obs: 3682

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V2A

1v2a


解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 457 -RANDOM
Rwork0.233 ---
all-9602 --
obs-9602 95.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1 Å20 Å20 Å2
2---14.1 Å20 Å2
3---28.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 26 44 1801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.045
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 81 -
Rwork0.351 --
obs-1612 97.5 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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