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- PDB-1r53: Crystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r53
タイトルCrystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Saccharomyces cerevisiae
要素Chorismate synthaseコリスミ酸シンターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / two layers alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / コリスミ酸シンターゼ / chorismate synthase activity / riboflavin reductase (NADPH) activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding ...FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / コリスミ酸シンターゼ / chorismate synthase activity / riboflavin reductase (NADPH) activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / コリスミ酸シンターゼ / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / コリスミ酸シンターゼ / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate synthase ARO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Meyer, P. / Graille, M. / Bremang, M. / Blondeau, K. / Sorel, I. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Meyer, P. / Graille, M. / Bremang, M. / Blondeau, K. / Sorel, I. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7211
ポリマ－41,7211
非ポリマー00
水2,036113
1
A: Chorismate synthase

A: Chorismate synthase

A: Chorismate synthase

A: Chorismate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,8854
ポリマ－166,8854
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area17070 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area40320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.516, 74.664, 155.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

詳細the biological assembly is a tetramer

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要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase / コリスミ酸シンターゼ / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 41721.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YGL148w / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P28777, コリスミ酸シンターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Na-Citrate, EDTA, DDT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
20.7 Msodium cirtate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
410 mMEDTA1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.32 Å / Num. obs: 63849 / Observed criterion σ(I): 2 / Net I/σ(I): 10.9
反射
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Num. obs: 17154 / % possible obs: 96.4 % / Num. measured all: 63849 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→27.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.735 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22492 852 5 %RANDOM
Rwork0.17376 ---
all0.17626 ---
obs0.17626 16076 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.101 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 0 113 2283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0222162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.9632930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9434677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5495290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.22305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0971.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06322299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8133732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8094.5627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 38
Rwork0.21 922
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 27.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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