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- PDB-1r4y: SOLUTION STRUCTURE OF THE DELETION MUTANT DELTA(7-22) OF THE CYTO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4y
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE DELETION MUTANT DELTA(7-22) OF THE CYTOTOXIC RIBONUCLEASE ALPHA-SARCIN
要素Ribonuclease alpha-sarcin
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ribotoxin / rRNA endonuclease activity / negative regulation of cytoplasmic translation / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fungal ribotoxin / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease alpha-sarcin
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus giganteus (カビ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Garcia-Mayoral, M.F. / Garcia-Ortega, L. / Lillo, M.P. / Santoro, J. / Martinez Del Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Rico, M. / Bruix, M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: NMR structure of the noncytotoxic {alpha}-sarcin mutant {Delta}(7-22): The importance of the native conformation of peripheral loops for activity.
著者: Garcia-Mayoral, M.F. / Garcia-Ortega, L. / Lillo, M.P. / Santoro, J. / Martinez Del Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Rico, M. / Bruix, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Characterization of pKa values and titration shifts in the cytotoxic ribonuclease alpha-sarcin by NMR. Relationship between electrostatic interactions, structure, and catalytic function.
著者: Perez-Canadillas, J.M. / Campos-Olivas, R. / Lacadena, J. / Martinez del Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Santoro, J. / Rico, M. / Bruix, M.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism and substrate specificity of the ribonuclease alpha-sarcin.
著者: Campos-Olivas, R. / Bruix, M. / Santoro, J. / Martinez del Pozo, A. / Lacadena, J. / Gavilanes, J.G. / Rico, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The highly refined solution structure of the cytotoxic ribonuclease alpha-sarcin reveals the structural requirements for substrate recognition and ribonucleolytic activity.
著者: Perez-Canadillas, J.M. / Santoro, J. / Campos-Olivas, R. / Lacadena, J. / Martinez del Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Rico, M. / Bruix, M.
#4: ジャーナル: To be Published
タイトル: Dissecting structural and electrostatic interactions of charged groups in alpha-sarcin. An NMR study of some mutants involving the catalytic residues.
著者: Garcia-Mayoral, M.F. / Perez-Canadillas, J.M. / Santoro, J. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Lacadena, J. / Martinez del Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Rico, M. / Bruix, M.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease alpha-sarcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1631
ポリマ－15,1631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease alpha-sarcin / rRNA endonuclease


分子量: 15162.897 Da / 分子数: 1 / 変異: L7G, R22G, DEL(8-21) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus giganteus (カビ) / 遺伝子: SAR / プラスミド: pINPGOmpAaSD(7-22) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00655, EC: 3.1.27.10
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1322D NOESY
1422D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D NOE homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM Ribonuclease; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM Ribonuclease; D2OD2O
試料状態pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1collection
XwinNMR3.1解析
ANSIG3.3Kraulis, P.データ解析
DYANA1.5Guntert, P.構造決定
DYANA1.5Guntert, P.精密化
Amber7精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2088 restraints, 1990 NOE-derived distance constraints and 98 dihedral angle restraints. The best 25 representative conformers are energy-minimized with AMBER7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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