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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r41 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structures of d(Gm5CGm5CGCGC) and d(GCGCGm5CGm5C): Effects of methylation on alternating DNA octamers | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Shi, K. / Pan, B. / Tippin, D. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Structures of d(Gm5)CGm5CGCGC) and d(GCGCGm5CGm5C): effects of methylation on alternating DNA octamers. 著者: Shi, K. / Pan, B. / Tippin, D. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 8.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2456.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Synthesizer |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: cacodylate, magnesium chloride, spermine tetrachloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→19.23 Å / Num. obs: 2192 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 86.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 |
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解析
精密化 | 構造決定の手法: Molecular Placement / 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.204 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.376 / Rfactor Rwork: 0.351 |