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- PDB-1r3z: Crystal structures of d(Gm5CGm5CGCGC) and d(GCGCGm5CGm5C): Effect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3z
タイトルCrystal structures of d(Gm5CGm5CGCGC) and d(GCGCGm5CGm5C): Effects of methylation on alternating DNA octamers
要素5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / Molecular Placement / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shi, K. / Pan, B. / Tippin, D. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structures of d(Gm5)CGm5CGCGC) and d(GCGCGm5CGm5C): effects of methylation on alternating DNA octamers.
著者: Shi, K. / Pan, B. / Tippin, D. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2003年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4571
ポリマ－2,4571
非ポリマー00
水45025
1
A: 5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*CP*GP*C)-3'

A: 5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9132
ポリマ－4,9132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.97, 42.97, 24.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2456.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Synthesizer
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: cacodylate, magnesium chloride, spermine tetrachloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2magnesium chloride11
3spermine tetrachloride11
4H2O11
5cacodylate12
6magnesium chloride12
7spermine tetrachloride12
8H2O12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMDNA1drop
225 mMsodium cacodylate1droppH6.0
31 mM1dropMgCl2
40.5 mMspermine tetrachloride1drop
540 %MPD1reservoir
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. all: 2799 / Num. obs: 2540 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 2711 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Placement / 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.203 229 RANDOM
Rwork0.17 --
all0.193 2540 -
obs0.193 2311 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 163 0 25 188
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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