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万見
- PDB-1r3f: Crystal Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r3f
タイトルCrystal Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA Complex: RNA-protein Recognition Through a Combination of Rigid Docking and Induced Fit
要素tRNA pseudouridine synthase B
キーワードLYASE / RNA modification / pseudouridylation
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA folding / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / tRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 1, C-terminal / Pseudouridine synthase II TruB, C-terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain ...tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 1, C-terminal / Pseudouridine synthase II TruB, C-terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pan, H. / Agarwalla, S. / Moustakas, D.T. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structure of tRNA Pseudouridine Synthase TruB and Its RNA Complex: RNA Recognition Through a Combination of Rigid Docking and Induced Fit
著者: Pan, H. / Agarwalla, S. / Moustakas, D.T. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2003年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1321
ポリマ－35,1321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.03, 71.01, 48.67
Angle α, β, γ (deg.)90, 117.87, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase / P35 protein


分子量: 35132.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TRUB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P60340, pseudouridylate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4K, magnesium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
32 mMEDTA1drop
42 mMdithiothreitol1drop
58-10 %(w/v)PEG40001reservoir
60.2 mMmagnesium sulfate1reservoir
7100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97926, 0.97942, 0.9610
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.979421
30.9611
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 24806 / Num. obs: 24806 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.97 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 426647
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / σ(F): 1.85 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 2425 RANDOM
Rwork0.228 --
obs0.228 48520 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2158 0 0 0 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.228
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 46517
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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