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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r38 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H114A mutant of Candida tenuis xylose reductase | ||||||
要素 | xylose reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / beta-alpha barrel / dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-xylose reductase [NAD(P)H] / D-xylose reductase (NADPH) activity / D-xylose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida tenuis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kratzer, R. / Kavanagh, K.L. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Studies of the enzymic mechanism of Candida tenuis xylose reductase (AKR 2B5): X-ray structure and catalytic reaction profile for the H113A mutant 著者: Kratzer, R. / Kavanagh, K.L. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r38.cif.gz | 277.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r38.ent.gz | 224.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r38_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r38_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1r38_validation.xml.gz | 56.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r38_validation.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r38 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jezS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35995.133 Da / 分子数: 4 / 変異: His114Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tenuis (菌類) / 遺伝子: xylr / プラスミド: PBEACT.1I / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74237, aldose reductase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEGME 5000, ammoniun sulfate, citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 94212 / Num. obs: 93679 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JEZ 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 33.7723 Å2 / ksol: 0.371509 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Num. reflection obs: 4751 | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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