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万見
- PDB-1r31: HMG-CoA reductase from Pseudomonas mevalonii complexed with HMG-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r31
タイトルHMG-CoA reductase from Pseudomonas mevalonii complexed with HMG-CoA
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-ELECTRON OXIDO-REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / (R)-MEVALONATE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mevalonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Watson, J.M. / Steussy, C.N. / Burgner, J.W. / Lawrence, C.M. / Tabernero, L. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Investigations of the Basis for Stereoselectivity from the Binary Complex of HMG-CoA Reductase.
著者: Watson, J.M. / Steussy, C.N. / Burgner, J.W. / Lawrence, C.M. / Tabernero, L. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.
履歴
登録2003年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE HMG-COA LIGAND WAS FOUND DIVIDED INTO SEPARATE MEVALDEHYDE AND COA MOLECULES IN THE STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5367
ポリマ－91,2822
非ポリマー1,2545
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12260 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,60921
ポリマ－273,8476
非ポリマー3,76215
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area44050 Å2
ΔGint-273 kcal/mol
Surface area69360 Å2
手法PISA
3
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,07314
ポリマ－182,5654
非ポリマー2,50810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_456y-1/4,x+1/4,-z+5/41
Buried area26300 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area49300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.369, 227.369, 227.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mevalonii (バクテリア)
遺伝子: MVAA / プラスミド: pHMGR (Rodwell, 1989) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3]
参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM ADA buffer at pH 6.7, microseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 53329 / Num. obs: 53328 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Limit h max: 108 / Limit h min: 17 / Limit k max: 76 / Limit k min: 17 / Limit l max: 61 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 12077929.83 / Observed criterion F min: 7.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native HMGR model at 3.0A

解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 4332 8.1 %Random
Rwork0.22 ---
all0.2221564 56944 --
obs0.2221564 53328 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 112.538 Å2 / ksol: 0.52795 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.38 Å2 / Biso mean: 37.09 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res high-2.1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5573 0 78 319 5970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.241.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 708 8.4 %
Rwork0.274 7748 -
obs--88.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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