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- PDB-1r28: Crystal Structure of the B-Cell Lymphoma 6 (BCL6) BTB domain to 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r28
タイトルCrystal Structure of the B-Cell Lymphoma 6 (BCL6) BTB domain to 2.2 Angstrom
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BTB domain / B-cell lymphoma / transcriptional repression
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ahmad, K.F. / Melnick, A. / Lax, S.A. / Bouchard, D. / Liu, J. / Kiang, C.L. / Mayer, S. / Licht, J.D. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain.
著者: Ahmad, K.F. / Melnick, A. / Lax, S. / Bouchard, D. / Liu, J. / Kiang, C.L. / Mayer, S. / Takahashi, S. / Licht, J.D. / Prive, G.G.
履歴
登録2003年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1202
ポリマ－29,1202
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.750, 32.660, 48.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer. This is contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / Zinc finger protein 51 / LAZ-3 protein / POZ domain / BTB/POZ domain


分子量: 14559.823 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB Domain (Residues 5-129)
変異: Glycine and serine at N-terminus (cloning artifact), C8Q/C67R/C84N (for solubility)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41182
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, sodium acetate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %PEG80001reservoir
20.18 Msodium acetate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月1日 / 詳細: Osmic confocal
放射モノクロメーター: Osmic confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.36 Å / Num. all: 11492 / Num. obs: 10909 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→27.36 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2497 540 random
Rwork0.2 --
all0.2025 11492 -
obs0.2 10515 -
溶媒の処理Bsol: 37.2813 Å2 / ksol: 0.36308 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.649 Å20 Å2-0.841 Å2
2--6.703 Å20 Å2
3----0.054 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 130 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 74 -
Rwork0.206 --
obs-1495 79.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0095
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.28 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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