PDB-1r1f: Solution Structure of the Cyclotide Palicourein: Implications for...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r1f

タイトル

Solution Structure of the Cyclotide Palicourein: Implications for the development of pharmaceutical and agricultural applications

要素

Palicourein

キーワード

PLANT PROTEIN / Palicourein / Cyclotide

機能・相同性

Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Palicourein

機能・相同性情報

生物種

Palicourea condensata (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Barry, D.G. / Daly, N.L. / Bokesch, H.R. / Gustafson, K.R. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the cyclotide palicourein: implications for the development of a pharmaceutical framework.
著者: Barry, D.G. / Daly, N.L. / Bokesch, H.R. / Gustafson, K.R. / Craik, D.J.

履歴

登録	2003年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r1f.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r1f.ent.gz	168.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r1f_validation.pdf.gz	335.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r1f_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
XML形式データ	1r1f_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	1r1f_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/1r1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/1r1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nb1 1nbj
類似構造データ	1k18-d 2mdu-d 1tsk-d 1y2p-d 6atl-2 2m7t-d 6sab-d 2mqu-d 1wy3-d 2kht-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Palicourein

3.93 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	lowest energy structures
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Palicourein 分子量: 3932.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Palicourea condensata (植物) / 参照: UniProt: P84645
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
2	3	2	E-COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 3.8 mM Palicourein, 90% H2O, 10% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 3.8 mM / 構成要素: Palicourein / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	Guntert, Braun and Wuthrich	structure calculation
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest energy structures
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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