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万見
- PDB-1r0r: 1.1 Angstrom Resolution Structure of the Complex Between the Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r0r
タイトル1.1 Angstrom Resolution Structure of the Complex Between the Protein Inhibitor, OMTKY3, and the Serine Protease, Subtilisin Carlsberg
要素
  • Ovomucoid
  • subtilisin carlsberg
キーワードHYDROLASE / high resolution / serine protease / protein inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin Carlsberg / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Horn, J.R. / Ramaswamy, S. / Murphy, K.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and energetics of protein-protein interactions: the role of conformational heterogeneity in OMTKY3 binding to serine proteases
著者: Horn, J.R. / Ramaswamy, S. / Murphy, K.P.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: subtilisin carlsberg
I: Ovomucoid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0526
ポリマ－32,8912
非ポリマー1604
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.329, 70.810, 127.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 subtilisin carlsberg


分子量: 27306.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P00780, subtilisin
#2: タンパク質 Ovomucoid / OMTKY3


分子量: 5585.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P68390
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris, and 50%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1droppH6.0
3150 mM1dropKCl
40.2 Mammonium dihydrogen phosphate1reservoir
50.1 MTris1reservoirpH8.5
650 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→15.25 Å / Num. obs: 107101 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 5.76
反射 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique all: 13901 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
Num. obs: 101307 / Num. measured all: 305107 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→15.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.635 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18404 1096 1 %RANDOM
Rwork0.15847 ---
obs0.15873 107101 94.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.227 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----0.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.033 Å0.032 Å
Luzzati d res low-15.25 Å
Luzzati sigma a0.033 Å0.032 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→15.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 6 405 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9433244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75134888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9663322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.82815368
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.3547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.32043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.5305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2580.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1030.36
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1291.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57322580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3833764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3594.5664
LS精密化 シェル解像度: 1.097→1.125 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.421 91
Rwork0.354 7438
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4680.0975-0.38180.2039-0.1650.75770.03820.05520.02330.02850.01510.0134-0.0621-0.0975-0.05330.06850.00560.00610.07030.00540.068625.7220.649.901
20.83670.6765-0.23362.99980.06550.5679-0.0071-0.0111-0.10360.0199-0.0447-0.19610.02670.00510.05180.0629-0.01730.01160.0617-0.00350.08626.301-2.9344.496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1EA1 - 2751 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2IB6 - 561 - 51
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.1587
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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