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- PDB-1qz1: Crystal Structure of the Ig 1-2-3 fragment of NCAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qz1
タイトルCrystal Structure of the Ig 1-2-3 fragment of NCAM
要素Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform
キーワードCELL ADHESION / IG MODULES / NCAM
機能・相同性
機能・相同性情報


NCAM1 interactions / medium-term memory / regulation of exocyst assembly / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to molecule of bacterial origin / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth ...NCAM1 interactions / medium-term memory / regulation of exocyst assembly / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to molecule of bacterial origin / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / behavioral response to ethanol / thalamus development / fibroblast growth factor receptor binding / commissural neuron axon guidance / cellular response to ethanol / axonal fasciculation / negative regulation of programmed cell death / RAF/MAP kinase cascade / response to morphine / epithelial to mesenchymal transition / neuron development / multicellular organismal response to stress / animal organ regeneration / phosphatase binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cytoskeletal protein binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to cocaine / response to activity / response to lead ion / calcium-mediated signaling / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron projection development / cell-cell junction / heparin binding / presynaptic membrane / growth cone / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Neural cell adhesion / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. ...Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. / Bock, E. / Kasper, C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure and interactions of NCAM Ig1-2-3 suggest a novel zipper mechanism for homophilic adhesion
著者: Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. / Bock, E. / Kasper, C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: STRUCTURAL BASIS OF CELL-CELL ADHESION BY NCAM
著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Ikemizu, S. / Jones, E.Y. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression, crystallization and preliminary X-ray analysis of the two amino-terminal Ig domains of the neural cell adhesion molecule (NCAM)
著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K.
履歴
登録2003年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Residues -2, 239 and 240 were not visible in the electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4071
ポリマ－32,4071
非ポリマー00
水4,774265
1
A: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform

A: Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8142
ポリマ－64,8142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.440, 107.760, 149.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細The biological assembly is a dimer. The second part of the biological assembly is generated by the rotation (-x, y, -z) and the translation (0.5, 0, 0)

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要素

#1: タンパク質 Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform / N-CAM 140 / NCAM-140


分子量: 32407.225 Da / 分子数: 1 / 断片: IG MODULES 1-2-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: NCAM1 / プラスミド: pHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS-115 / 参照: UniProt: P13596
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 14-17% PEG 4000, 450 mM Li sulfate, 100 mM Na acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 mg/mlprotein1drop
25 mMsodium phosphate1drop
3150 mM1droppH7.4NaCl
414-17 %(w/v)PEG40001reservoir
5450 mMlithium sulfate1reservoir
6100 mMsodium acetate1reservoirpH5.2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
シンクロトロンMAX II I71111.0526
回転陽極OTHER21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2000年11月6日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2000年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.05261
21.54181
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 27881 / Num. obs: 27881 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 2756 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 164206
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EPF

1epf


解像度: 2→48.64 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 241-242 were not located in the electron density map
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 828 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all-28289 --
obs-28289 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.9 Å20 Å20 Å2
2---15.2 Å20 Å2
3---7.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 0 265 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.036
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 148 -
Rwork0.373 --
obs-4474 99 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0081
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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