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- PDB-1qxy: Crystal structure of S. aureus methionine aminopeptidase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxy
タイトルCrystal structure of S. aureus methionine aminopeptidase in complex with a ketoheterocycle 618
要素methionyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / pita bread fold
機能・相同性
機能・相同性情報


initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / transition metal ion binding / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Chem-M2C / Methionine aminopeptidase / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Douangamath, A. / Dale, G.E. / D'Arcy, A. / Oefner, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of staphylococcusaureus methionine aminopeptidase complexed with keto heterocycle and aminoketone inhibitors reveal the formation of a tetrahedral intermediate.
著者: Douangamath, A. / Dale, G.E. / D'Arcy, A. / Almstetter, M. / Eckl, R. / Frutos-Hoener, A. / Henkel, B. / Illgen, K. / Nerdinger, S. / Schulz, H. / MacSweeney, A. / Thormann, M. / Treml, A. / ...著者: Douangamath, A. / Dale, G.E. / D'Arcy, A. / Almstetter, M. / Eckl, R. / Frutos-Hoener, A. / Henkel, B. / Illgen, K. / Nerdinger, S. / Schulz, H. / MacSweeney, A. / Thormann, M. / Treml, A. / Pierau, S. / Wadman, S. / Oefner, C.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600heterogen The original inhibitor used in the crystal was 2-Amino-4-methylsulfanyl-1-pyridin-2-yl- ...heterogen The original inhibitor used in the crystal was 2-Amino-4-methylsulfanyl-1-pyridin-2-yl-butan-1-one. The M2C coordinates in this structure are those of a transition state complex of the inhibitor.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methionyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9996
ポリマ－27,5351
非ポリマー4645
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.970, 76.690, 41.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 methionyl aminopeptidase


分子量: 27535.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: aureus Mu50 / プラスミド: PDS56-RBSII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A080, UniProt: P0A078*PLUS, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-M2C / (2S)-2-AMINO-4-(METHYLSULFANYL)-1-PYRIDIN-2-YLBUTANE-1,1-DIOL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, Bis-Tris, ammonium acetate, pH 5.5, microbatch, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: batch method / 詳細: Oefner, C., (2003) J. Mol. Biol., 332, 13.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein11
250 mMHEPES11pH7.5
3150 mM11NaCl
45 %glycerol11
51 mMTCEP11

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→20 Å / Num. all: 119267 / Num. obs: 116762 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.04→1.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.04→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.802 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16512 5957 5 %RANDOM
Rwork0.14248 ---
obs0.14358 112974 99.81 %-
all-116762 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.33 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 22 393 2324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.9652626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78634130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8773244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86115365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4290.3487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.31814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.5289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4150.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1540.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.552
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5051.51236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23821993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8433709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3934.5633
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.59821945
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.7292406
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.77721918
LS精密化 シェル解像度: 1.04→1.067 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 446
Rwork0.283 8173
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.161 / Rfactor Rwork: 0.136
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.963

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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