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万見
- PDB-1qxn: Solution Structure of the 30 kDa Polysulfide-sulfur Transferase H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxn
タイトルSolution Structure of the 30 kDa Polysulfide-sulfur Transferase Homodimer from Wolinella Succinogenes
要素sulfide dehydrogenase
キーワードTRANSFERASE / POLYSULFIDE-SULFUR TRANSFERASE / SUD / HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTASULFIDE-SULFUR / Sulfide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Wolinella succinogenes (バクテリア)
手法溶液NMR / Simulated annealing with torsion angle dynamics
データ登録者Lin, Y.J. / Dancea, F. / Loehr, F. / Klimmek, O. / Pfeiffer-Marek, S. / Nilges, M. / Wienk, H. / Kroeger, A. / Rueterjans, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of the 30 kDa Polysulfide-Sulfur Transferase Homodimer from Wolinella succinogenes
著者: Lin, Y.J. / Dancea, F. / Loehr, F. / Klimmek, O. / Pfeiffer-Marek, S. / Nilges, M. / Wienk, H. / Kroeger, A. / Rueterjans, H.
履歴
登録2003年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sulfide dehydrogenase
B: sulfide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0364
ポリマ－30,7152
非ポリマー3212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #8closest to the average

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要素

#1: タンパク質 sulfide dehydrogenase / sud


分子量: 15357.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア)
プラスミド: pQE60_Sud-HIS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q56748
#2: 化合物 ChemComp-PS5 / PENTASULFIDE-SULFUR


分子量: 160.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: S5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1334D 15N/15N-separated NOESY
1443D CT CH3 13C-separated NOESY
1553D 13C-separated NOESY
166[15N-1H]-TROSY
1773D 15N-separated NOESY
1884D CT J-resolved 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Sud NA, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 100% D2O100% D2O
21mM Sud U-15N, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31mM Sud U-2H,15N, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
41mM Sud U-15N,13C, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
51mM Sud U-15N,13C, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 100% D2O100% D2O
60.55 mM U-15N, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 6% w/v C8E5/n-octanol (1:0.87), 90% H2O, 10% D2O6% w/v C8E5/n-octanol (1:0.87), 90% H2O, 10% D2O
71mM Sud 50% asym. U-2H,15N, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
81mM Sud 50% asym. U-13C, 50mM sodium phosphate NA, 1mM polysulfide NA, 13mM sulfide NA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: less than 100mM / pH: 7.6 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
AURELIA97Brukerデータ解析
NMRPipe1.6Delaglio解析
CNS1.1Brunger構造決定
ARIA1.1Nilges構造決定
ARIA1.1Nilges精密化
精密化手法: Simulated annealing with torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The final structures were refined in explicit solvent (water)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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