ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング | MLPHARE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→24.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.201 | 3610 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.177 | - | - | - |
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all | 0.178 | 74815 | - | - |
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obs | 0.177 | 71205 | 95.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.5967 Å2 / ksol: 0.361759 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.45 Å2 | 0 Å2 | -0.51 Å2 |
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2- | - | -0.63 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.08 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.2 Å / Luzzati sigma a free: 0.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.58 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4744 | 0 | 28 | 651 | 5423 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.67 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.04 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.54 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.85 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.71 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.261 | 556 | 5.3 % |
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Rwork | 0.222 | 9985 | - |
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obs | - | - | 85.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | EDO.PAR | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAM | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg25.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.67 | | | | |
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