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万見
- PDB-1qxm: Crystal structure of a hemagglutinin component (HA1) from type C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qxm
タイトルCrystal structure of a hemagglutinin component (HA1) from type C Clostridium botulinum
要素HA1
キーワードTOXIN / Clostridium botulinum / hemagglutinin / HA1 / trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Main hemagglutinin component type D / Main hemagglutinin component type C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum D phage (ファージ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Inoue, K. / Sobhany, M. / Transue, T.R. / Oguma, K. / Pedersen, L.C. / Negishi, M.
引用ジャーナル: Microbiology / 年: 2003
タイトル: Structural analysis by X-ray crystallography and calorimetry of a haemagglutinin component (HA1) of the progenitor toxin from Clostridium botulinum.
著者: Inoue, K. / Sobhany, M. / Transue, T.R. / Oguma, K. / Pedersen, L.C. / Negishi, M.
履歴
登録2003年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HA1
B: HA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5339
ポリマ－71,0992
非ポリマー4347
水11,728651
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.173, 62.332, 82.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 HA1


分子量: 35549.348 Da / 分子数: 2 / 断片: hemagglutinin component HA1 / 変異: type C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum D phage (ファージ)
生物種: Clostridium phage c-st / プラスミド: pGEX-4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P46084, UniProt: P0DPR1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 296 K / 手法: sirsas / pH: 5.5
詳細: MES, PEG8000, MgCl2, pH 5.5, SIRSAS, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMMES1droppH5.5
225 mg/mlprotein1drop
30.1 MMES1reservoirpH5.5
4100 mM1reservoirMgCl2
510 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 71843 / Num. obs: 71843 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 6546 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 203352 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→24.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3610 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.178 74815 --
obs0.177 71205 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.5967 Å2 / ksol: 0.361759 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0.51 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---1.08 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.2 Å / Luzzati sigma a free: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4744 0 28 651 5423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 556 5.3 %
Rwork0.222 9985 -
obs--85.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2EDO.PAR
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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