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- PDB-1qwq: Solution structure of the monomeric N67D mutant of Bovine Seminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwq
タイトルSolution structure of the monomeric N67D mutant of Bovine Seminal Ribonuclease
要素Ribonuclease
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA-PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Avitabile, F. / Alfano, C. / Spadaccini, R. / Crescenzi, O. / D'Ursi, A.M. / D'Alessio, G. / Tancredi, T. / Picone, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: THE SWAPPING OF TERMINAL ARMS IN RIBONUCLEASES: COMPARISON OF THE SOLUTION STRUCTURE OF MONOMERIC BOVINE SEMINAL AND PANCREATIC RIBONUCLEASES
著者: Avitabile, F. / Alfano, C. / Spadaccini, R. / Crescenzi, O. / D'Ursi, A.M. / D'Alessio, G. / Tancredi, T. / Picone, D.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2001
タイトル: 1H and 15N sequential assignment and secondary structure of the monomeric N67D mutant of bovine seminal ribonuclease.
著者: Crescenzi, O. / Carotenuto, A. / D'Ursi, A.M. / Tancredi, T. / D'Alessio, G. / Avitabile, F. / Picone, D.
履歴
登録2003年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2003年9月16日ID: 1O0G
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6341
ポリマ－13,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / Seminal Ribonuclease


分子量: 13633.624 Da / 分子数: 1 / 変異: N67D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SRN / プラスミド: PET-22B+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
131HNHA
141HNHB
1522D NOESY
1622D TOCSY
1722D COSY
1822D NHSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE U-97% 15N95% H2O/5% D2O
22.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.65 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX4003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe解析
NMRView4.0.3データ解析
DYANA1.5構造決定
Amber6精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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