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- PDB-1qwk: Structural genomics of Caenorhabditis Elegans: Hypothetical 35.2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwk
タイトルStructural genomics of Caenorhabditis Elegans: Hypothetical 35.2 kDa protein (aldose reductase family member)
要素aldo-keto reductase family 1 member C1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Caenorhabditis Elegans / aldo-keto reductase / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / Estrogen biosynthesis / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Formation of xylulose-5-phosphate / Prednisone ADME / RA biosynthesis pathway / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol ...Glutathione conjugation / Estrogen biosynthesis / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Formation of xylulose-5-phosphate / Prednisone ADME / RA biosynthesis pathway / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / aldose reductase (NADPH) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, L. / Zhou, X.E. / Meehan, E.J. / Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Luo, M. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis Elegans: Hypothetical 35.2 kDa protein (aldose reductase family member)
著者: Chen, L. / Zhou, X.E. / Meehan, E.J. / Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Luo, M.
履歴
登録2003年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aldo-keto reductase family 1 member C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2331
ポリマ－35,2331
非ポリマー00
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.050, 89.570, 116.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 aldo-keto reductase family 1 member C1 / Aldose reductase / XH961 / hypothetical protein C07D8.6 / Hypothetical 35.2 kDa protein


分子量: 35232.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C07D8.6 / プラスミド: Pdest 17.1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P91020
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 41312 / Num. obs: 41312 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AZ2

1az2


解像度: 1.6→19.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1972 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.201 39464 --
obs0.201 39464 87.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.4336 Å2 / ksol: 0.434452 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.06 Å20 Å20 Å2
2--15.65 Å20 Å2
3----9.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2447 0 0 330 2777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 231 5.2 %
Rwork0.249 4176 -
obs-4176 59.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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