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- PDB-1qwi: Crystal Structure of E. coli OsmC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwi
タイトルCrystal Structure of E. coli OsmC
要素osmotically inducible protein
キーワードhydroperoxide reductase / hydroperoxide resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / hyperosmotic response / response to hydroperoxide / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin OsmC / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin OsmC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lesniak, J. / Barton, W.A. / Nikolov, D.B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structural and functional features of the Escherichia coli hydroperoxide resistance protein OsmC
著者: Lesniak, J. / Barton, W.A. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2003年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: osmotically inducible protein
B: osmotically inducible protein
C: osmotically inducible protein
D: osmotically inducible protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1034
ポリマ－61,1034
非ポリマー00
水9,080504
1
A: osmotically inducible protein
B: osmotically inducible protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5522
ポリマ－30,5522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
2
C: osmotically inducible protein
D: osmotically inducible protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5522
ポリマ－30,5522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.747, 64.229, 67.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
osmotically inducible protein / osmc


分子量: 15275.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 0157:H7 EDL399 / 遺伝子: OsmC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0L2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000 MME, 0.2M Ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
25 mMTris1droppH8.0
35 mMdithiothreitol1drop
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
530 %PEG5000 MME1reservoir
60.1 MMES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9770
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.9771
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 51960 / Num. obs: 48947 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.09 Å / % possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Freidel pairs were used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 4810 -random
Rwork0.2221 ---
all-102329 --
obs-98304 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 0 504 4656
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Num. reflection obs: 93520 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.36
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.09 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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