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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qwb | ||||||
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タイトル | NMR structure of 5'-r(GGACACGAAAUCCCGAAGUAGUGUCC)-3' : an RNA hairpin containing the in vitro selected consensus sequence for nucleolin RBD12 | ||||||
![]() | sNRE26 | ||||||
![]() | RNA / A-form helix / loop E motif / S-turn / disordered hairpin loop | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Finger, L.D. / Trantirek, L. / Johansson, C. / Feigon, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution Structures of Stem-loop RNAs that Bind the Two N-terminal RNA-binding Domains of Nucleolin 著者: Finger, L.D. / Trantirek, L. / Johansson, C. / Feigon, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 232.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 322.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8366.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA WAS PREPARED BY In vitro transcription with T7 RNA polymerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Assignment methodology for this molecule is described in J. Biomol. NMR 9, 259-272 (1997) and Prog. in Nuc. Magn. Resonan. Spec. 32, 287-387 (1998). |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint ...コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 17 |