ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→19.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1890131.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.215 | 3947 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.191 | - | - | - |
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obs | 0.191 | 80369 | 99.9 % | - |
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all | - | 95497 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1654 Å2 / ksol: 0.389519 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.82 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.23 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 4.05 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.13 Å | 0.1 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.65 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3641 | 0 | 0 | 422 | 4063 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.77 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.236 | 704 | 5.3 % |
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Rwork | 0.211 | 12683 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.77 | | | | |
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