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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qvw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S. cerevisiae YDR533c protein | ||||||
要素 | YDR533c protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / alpha/beta hydrolase fold / catalytic triad / heat shock protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-lactate dehydratase / glyoxalase III activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / cellular response to nutrient levels / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / P-body / cytoplasmic stress granule / cellular response to oxidative stress / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Graille, M. / Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the YDR533c S. cerevisiae protein, a class II member of the Hsp31 family 著者: Graille, M. / Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Zhou, C.Z. / de la Sierra Gallay, I.L. / Jacquamet, L. / Ferrer, J.L. / Liger, D. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qvw.cif.gz | 110.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qvw.ent.gz | 84.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qvw_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qvw_full_validation.pdf.gz | 458 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qvw_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qvw_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/1qvw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25858.135 Da / 分子数: 2 / 変異: Ala22Met, Phe103Met, Ile143Met, Leu173Met / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YDR533c / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: Q04432 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 25-30% PEG 4000, 50mM Na/K phosphate buffer, 20mM DTT, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 38837 / Num. obs: 38837 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 93.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 185333 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Structure of YDR533c solved by SAD method 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |