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- PDB-1que: X-RAY STRUCTURE OF THE FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE FROM THE CYANOB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1que
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE FROM THE CYANOBACTERIUM ANABAENA PCC 7119 AT 1.8 ANGSTROMS
要素FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / NADP / FAD / THYLAKOID MEMBRANE / HYCOBILISOME / FNR / NADP+ REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transport chain / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Serre, L. / Frey, M. / Vellieux, F.M.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of the ferredoxin:NADP+ reductase from the cyanobacterium Anabaena PCC 7119 at 1.8 A resolution, and crystallographic studies of NADP+ binding at 2.25 A resolution.
著者: Serre, L. / Vellieux, F.M. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Frey, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystals of Anabaena Pcc 7119 Ferredoxin-Nadp+ Reductase
著者: Serre, L. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Frey, M.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990
タイトル: Sequence of the Ferredoxin-Nadp(+)-Reductase Gene from Anabaena Pcc 7119
著者: Fillat, M.F. / Bakker, H.A. / Weisbeek, P.J.
履歴
登録1996年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9233
ポリマ－34,0421
非ポリマー8822
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.200, 88.200, 97.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE / FNR


分子量: 34041.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7119 / 参照: UniProt: P21890, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: SEE REFERENCE 1., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110.6 mg/mlprotein1drop
24 mMTris-HCl1drop
31 %(w/v)beta-OG1drop
48 %(w/v)PEG60001drop
58 mMammonium sulfate1drop
60.04 %(w/v)sodium azide1drop
70.04 MMES-NaOH1drop
820 %(w/v)PEG60001reservoir
920 mMammonium sulfate1reservoir
100.1 %(w/v)sodium azide1reservoir
110.1 MMES-NaOH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月1日
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 20337 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 34
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 96286 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 34 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASEモデル構築
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
BIOMOL(KBRANI)データスケーリング
PHASES位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→15 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 4
詳細: THE INITIAL MODEL WAS BUILT IN A M.I.R SOLVENT FLATTENED ELECTRON DENSITY MAP AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION WITH THE SPINACH FNR MODEL AS A GUIDE (KARPLUS, DANIELS, HERRIOTT, SCIENCE 1991, 251 ...詳細: THE INITIAL MODEL WAS BUILT IN A M.I.R SOLVENT FLATTENED ELECTRON DENSITY MAP AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION WITH THE SPINACH FNR MODEL AS A GUIDE (KARPLUS, DANIELS, HERRIOTT, SCIENCE 1991, 251 60-66). RESIDUES 1 - 8 AND 106 - 112 ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND THEY HAVE BEEN TENTATIVELY MODELED. WATER MOLECULES HAVE BEEN NUMBERED ACCORDING THE INCREASING VALUES OF THEIR TEMPERATURE FACTORS STARTING WITH 401. WATER SITES CLOSER THAN 2.5 ANGSTROMS TO PROTEIN ATOMS OR OTHER WATER SITES REFLECTS, MOST PROBABLY, DISORDER.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 -10 %
Rwork0.172 --
obs0.172 30255 -
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 58 325 2770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.50.9
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it21.54
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it21.28
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.07
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 -10 %
Rwork0.2125 463 -
obs--70 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSX.PROTOPHCSX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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