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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qua | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACUTOLYSIN-C, A HEMORRHAGIC TOXIN FROM THE SNAKE VENOM OF AGKISTRODON ACUTUS, AT 2.2 A RESOLUTION | ||||||
要素 | ACUTOLYSIN-C | ||||||
キーワード | TOXIN / METALLOPROTEASE / HEMORRHAGIC TOXIN / SNAKE VENOM PROTEINASE / AGKISTRODON ACUTUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / calcium ion binding / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Deinagkistrodon acutus (ヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Niu, L. / Teng, M. / Zhu, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structure of acutolysin-C, a haemorrhagic toxin from the venom of Agkistrodon acutus, providing further evidence for the mechanism of the pH-dependent proteolytic reaction of zinc metalloproteinases. 著者: Zhu, X. / Teng, M. / Niu, L. #1: ジャーナル: CHIN.SCI.BULL. / 年: 1996 タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Hemorrhagin III from the Snake Venom of Agkistrodon Acutus 著者: Gong, W. / Zhu, Z. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qua.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qua.ent.gz | 36.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qua_validation.pdf.gz | 362.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qua_full_validation.pdf.gz | 366.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qua_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qua_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/1qua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/1qua | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21457.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: Q9W7S2, UniProt: P60244*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 10704 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / % possible all: 95.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CRYSTAL STRUCTURE OF H2-PROTEINASE 解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO |