+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qtf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF EXFOLIATIVE TOXIN B | ||||||
要素 | EXFOLIATIVE TOXIN B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TOXIN / SERINE PROTEASE / SUPERANTIGEN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Vath, G.M. / Earhart, C.A. / Monie, D.D. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: The crystal structure of exfoliative toxin B: a superantigen with enzymatic activity. 著者: Vath, G.M. / Earhart, C.A. / Monie, D.D. / Iandolo, J.J. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qtf.cif.gz | 57 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qtf.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qtf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qtf_validation.pdf.gz | 358.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qtf_full_validation.pdf.gz | 364.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qtf_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qtf_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/1qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/1qtf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27291.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: PRW001 / 株: RN4220 参照: UniProt: P09332, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: HEPES, MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / PH range low: 7.5 / PH range high: 7.2 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. all: 10085 / Num. obs: 10085 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 52 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52 % / Mean I/σ(I) obs: 1.03 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.29 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.45 / Rfactor obs: 0.33 |