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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qsl | ||||||
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タイトル | KLENOW FRAGMENT COMPLEXED WITH SINGLE-STRANDED SUBSTRATE AND EUROPIUM (III) ION | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / EXONUCLEASE / TWO METAL IONS / SINGLE-STRANDED DNA / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding ...5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Brautigam, C.A. / Aschheim, K. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structural elucidation of the binding and inhibitory properties of lanthanide (III) ions at the 3'-5' exonucleolytic active site of the Klenow fragment 著者: Brautigam, C.A. / Aschheim, K. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structural Principles for the Inhibition of the 3'-5' Exonuclease Activity of Escherichia Coli DNA Polymerase I by Phosphorothioates 著者: Brautigam, C.A. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Structural Basis for the 3'-5' Exonuclease Activity of Escherichia Coli DNA Polymerase I: A Two Metal Ion Mechanism 著者: Beese, L.S. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qsl.cif.gz | 140.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qsl.ent.gz | 106.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qsl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2402.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE METHODOLOGY |
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#2: タンパク質 | 分子量: 68193.750 Da / 分子数: 1 / Fragment: KLENOW FRAGMENT / Mutation: V324M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCJ155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CJ376 / 参照: UniProt: P00582, DNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-EU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.5 M SODIUM CITRATE AT 290 K, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 45999 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 40431 / Num. measured all: 343566 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 / 詳細: BULK-SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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