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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qsi | ||||||
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タイトル | MAGNESIUM(II)-AND ZINC(II)-PROTOPORPHYRIN IX'S STABILIZE THE LOWEST OXYGEN AFFINITY STATE OF HUMAN HEMOGLOBIN EVEN MORE STRONGLY THAN DEOXYHEME | ||||||
![]() | (PROTEIN (HEMOGLOBIN ...) x 2 | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEMOGLOBIN / OXYGEN AFFINITY / ALLOSTERIC EFFECT / METAL SUBSTITUTION / TRIGGER MECHANISM / ALPHA CO LIGANDED / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miyazaki, G. / Morimoto, H. / Yun, K.-M. / Park, S.-Y. / Nakagawa, A. / Minagawa, H. / Shibayama, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Magnesium(II) and zinc(II)-protoporphyrin IX's stabilize the lowest oxygen affinity state of human hemoglobin even more strongly than deoxyheme. 著者: Miyazaki, G. / Morimoto, H. / Yun, K.M. / Park, S.Y. / Nakagawa, A. / Minagawa, H. / Shibayama, N. #1: ![]() タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Magnesium(MgII)-iron(FeII) Hybrid Hemoglobin with Liganded Beta Subunits 著者: Park, S.-Y. / Nakagawa, A. / Morimoto, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 713.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 730.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-PROTEIN (HEMOGLOBIN ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 411分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch method / pH: 6.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, BATCH METHOD, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Perutz, M.F., (1968) J.Crystal Growth, 2, 54. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→100 Å / Num. all: 297677 / Num. obs: 112877 / % possible obs: 60.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / % possible all: 76.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 91.6 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.78 Å / % possible obs: 77.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 3 立体化学のターゲット値: PROLSQ (HENDRICKSON & KONNERT)
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |