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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qsd | ||||||
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タイトル | RBL2P, BETA-TUBULIN BINDING POST-CHAPERONIN COFACTOR | ||||||
要素 | PROTEIN (BETA-TUBULIN BINDING POST-CHAPERONIN COFACTOR) | ||||||
キーワード | CHAPERONE / FOUR-HELIX-BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / beta-tubulin binding / tubulin binding / microtubule cytoskeleton / protein folding / microtubule / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the post-chaperonin beta-tubulin binding cofactor Rbl2p 著者: Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qsd.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qsd.ent.gz | 40.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qsd_validation.pdf.gz | 374.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qsd_full_validation.pdf.gz | 378.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qsd_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qsd_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12398.963 Da / 分子数: 2 / 断片: RBL2P / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORIGINAL SEQUENCE / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48606 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M NA-CITRATE/CITRIC ACID, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.6 M / 一般名: trisodium citrate/citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 11128 / Num. obs: 11128 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |