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- PDB-1qqr: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOKINASE DOMAIN B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOKINASE DOMAIN B
要素STREPTOKINASE DOMAIN B
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / NON-PROTEOLYTIC / PLASMINOGEN ACTIVATION / FIBRINOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #180 / Streptokinase / Staphylokinase / Staphylokinase/Streptokinase superfamily / Staphylokinase/Streptokinase family / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Spraggon, G. / Zhang, X.X. / Ponting, C.P. / Fox, V.F. / Phillips, C. / Smith, R.A.G. / Jones, E.Y. / Dobson, C. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Streptokinse Domain B
著者: Spraggon, G. / Zhang, X.X. / Ponting, C.P. / Fox, V.F. / Phillips, C. / Smith, R.A.G. / Jones, E.Y. / Dobson, C. / Stuart, D.I.
履歴
登録1999年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOKINASE DOMAIN B
B: STREPTOKINASE DOMAIN B
C: STREPTOKINASE DOMAIN B
D: STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0884
ポリマ－64,0884
非ポリマー00
水6,071337
1
A: STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0221
ポリマ－16,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0221
ポリマ－16,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0221
ポリマ－16,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0221
ポリマ－16,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.870, 93.780, 156.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
STREPTOKINASE DOMAIN B


分子量: 16021.934 Da / 分子数: 4 / 断片: B-DOMAIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
生物種: Streptococcus dysgalactiae / 株: subsp. equisimilis / 参照: UniProt: P00779
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 34029 / Num. obs: 31237 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BML

1bml


解像度: 2.3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1564 5 %
Rwork0.1968 --
obs0.1968 31237 91.8 %
all-34029 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.098 Å2 / ksol: 0.35326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.52 Å20 Å20 Å2
2--6.65 Å20 Å2
3---2.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4457 0 0 337 4794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 171 4.9 %
Rwork0.261 3286 -
obs--62.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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