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- PDB-1qqi: SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqi
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN OF PHOB FROM ESCHERICHIA COLI
要素PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
キーワードTRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 4D SIMULATED ANNEALING
データ登録者Okamura, H. / Hanaoka, S. / Nagadoi, A. / Makino, K. / Nishimura, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation domains and the arrangement of PhoB molecules on the phosphate box.
著者: Okamura, H. / Hanaoka, S. / Nagadoi, A. / Makino, K. / Nishimura, Y.
履歴
登録1999年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1741
ポリマ－12,1741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量: 12173.898 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PT7-7-CB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08402, UniProt: P0AFJ5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
1323D 15N-SEPARATED NOESY
1414D 13C-SEPARATED NOESY
152HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11-2MM PROTEIN U-15N,13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL
21-2MM PROTEIN U-15N; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL
31-2MM PROTEIN ; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL
試料状態イオン強度: NACL 500mM / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.6DELAGLIO, F.構造決定
PIPP3.9GARRETT, D.S.構造決定
EMBOSS5NAKAI,T., KIDERA, A. AND NAKAMURA, H.精密化
精密化手法: 4D SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1758 RESTRAINTS, 1719 ARE NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS AND 39 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH EMBOSS BY USING A ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1758 RESTRAINTS, 1719 ARE NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS AND 39 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH EMBOSS BY USING A 4D SIMULATED ANNEALING PROTOCOL STARTING FROM A RANDOM COIL CONFORMATION. THE GENERATED STRUCTURES WERE FURTHER REFINED BY ENERGY MINIMIZATION USING THE AMBER FORCE FIELD. THE FINAL STRUCTURES WERE SELECTED BY HAVING NO DISTANCE VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES, AND A LOW TARGET ENERGY.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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