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- PDB-1qq2: CRYSTAL STRUCTURE OF A MAMMALIAN 2-CYS PEROXIREDOXIN, HBP23. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qq2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MAMMALIAN 2-CYS PEROXIREDOXIN, HBP23.
要素THIOREDOXIN PEROXIDASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis ...NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / regulation of stress-activated MAPK cascade / natural killer cell mediated cytotoxicity / peroxisomal matrix / canonical NF-kappaB signal transduction / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / euchromatin / fibroblast proliferation / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hirotsu, S. / Abe, Y. / Okada, K. / Nagahara, N. / Hori, H. / Nishino, T. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a multifunctional 2-Cys peroxiredoxin heme-binding protein 23 kDa/proliferation-associated gene product.
著者: Hirotsu, S. / Abe, Y. / Okada, K. / Nagahara, N. / Hori, H. / Nishino, T. / Hakoshima, T.
履歴
登録1999年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN PEROXIDASE 2
B: THIOREDOXIN PEROXIDASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3164
ポリマ－44,2452
非ポリマー712
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.900, 73.900, 211.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN PEROXIDASE 2 / HEME-BINDING PROTEIN 23 KD / HBP23


分子量: 22122.338 Da / 分子数: 2 / 変異: C83S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HBP23 in oxidative form revealed a unique dimer structure in which the active site cystein forms a disulfide bond with other cystein from another subunit.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: LIVER / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63716
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM CHLORIDE, CHAPS, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium phosphate1drop
31 mMCHAPS1drop
42 M1reservoirNaCl
510 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 262009 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / % possible all: 72.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 2.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
X-PLOR98精密化
精密化解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 1 / 詳細: USED SLOW-COOLING METHOD WITH BULK SOLVENT MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1952 -RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 153566 92.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 2 62 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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