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- PDB-1qph: CRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA DODECAMER GACCACGTGGTC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qph
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE A-DNA DODECAMER GACCACGTGGTC
要素5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP)-3'
キーワードDNA / DOUBLE HELIX / A-DNA / MAX PROTEIN / DNA CURVATURE
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Raaijmakers, H. / Suck, D. / Mayer, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of the A-DNA Dodecamer GACCACGTGGTC
著者: Raaijmakers, H. / Suck, D. / Mayer, C.
履歴
登録1999年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6631
ポリマ－3,6631
非ポリマー00
水81145
1
A: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP)-3'

A: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)46.300, 46.300, 72.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RECOGNITION SEQUENCE OF MAX PROTEIN
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4, WATER, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23 Å / Num. all: 1781 / Num. obs: 1781 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 43.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MAR345データ収集
AUTOMARデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: NDB ID ADL045

解像度: 2.5→7 Å / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN, NEW PARAMETERS FOR THE REFINEMENT OF NUCLEIC ACID CONTAINING STRUCTURES, ACTA CRYST. D, 52, 57-64 (1996).
詳細: SIMULATED ANNEALING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.225 --
obs0.225 1682 97.9 %
all-1719 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 247 0 45 292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.289 206 -
obs--97.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX3.DNA / Topol file: TOP_NDBX3.DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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