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- PDB-1qp4: PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qp4
タイトルPURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3')
  • PROTEIN (PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / REPRESSOR / PURINE BIOSYNTHESIS / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor PurR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Glasfeld, A. / Koehler, A.N. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The role of lysine 55 in determining the specificity of the purine repressor for its operators through minor groove interactions.
著者: Glasfeld, A. / Koehler, A.N. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of LacI Member, PurR, Bound to DNA: Minor Groove Binding by Alpha Helices
著者: Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
履歴
登録1999年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3')
A: PROTEIN (PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4303
ポリマ－43,2942
非ポリマー1361
水362
1
M: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3')
A: PROTEIN (PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR)
ヘテロ分子

M: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3')
A: PROTEIN (PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8606
ポリマ－86,5884
非ポリマー2722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.480, 95.260, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3') / PURA


分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR)


分子量: 38091.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PURR / プラスミド: PDNA100\:K55A / 遺伝子 (発現宿主): PURR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P0ACP7
#3: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, (NH4)2SO4, [CO(NH3)6]CL3, NA2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1[CO(NH3)6]CL311
2(NH4)2SO411
3NA2SO411
4PEG 400011
5(NH4)2SO412
6NA2SO412
7PEG 400012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 mMprotein1drop
21.0 mMdithiothreitol1drop
3160 mMsodium potassium phosphate1drop
40.6 mMDNA1drop
550 mMsodium cacodylate1drop
625 %PEG40001drop
70.4 %ammonium sulfate1drop
850 mMcobalt hexammine1drop
90.1 Mammonium phosphate1drop
1025 %PEG40001reservoir
110.4 Mammonium sulphate1reservoir
1250 mMcobalt hexammine1reservoir
130.1 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→10 Å / Num. obs: 13547 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 7.97 / Net I/σ(I): 9.32
反射 シェル解像度: 3→3.23 Å / 冗長度: 1.8 % / % possible all: 89.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 58105 / Rmerge(I) obs: 0.0797
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
UCSD-systemデータ削減
UCSD-systemデータスケーリング
精密化解像度: 3→10 Å / σ(I): 2
立体化学のターゲット値: DNA BASE GEOMETRIES TAKEN FROM CLOWNEY ET AL. (1996) J. AM. CHEM. SOC., VOL. 118, PP. 509-518. SUGAR PHOSPHATE GEOMETRIES TAKEN FROM GELBIN ET AL. (1996) J. AM. ...立体化学のターゲット値: DNA BASE GEOMETRIES TAKEN FROM CLOWNEY ET AL. (1996) J. AM. CHEM. SOC., VOL. 118, PP. 509-518. SUGAR PHOSPHATE GEOMETRIES TAKEN FROM GELBIN ET AL. (1996) J. AM. CHEM. SOC., VOL. 118, PP. 519-529.
Rfactor反射数
all0.157 -
obs-13547
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 345 10 2 3009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0152.1
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.81.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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