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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qoi | ||||||
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タイトル | U4/U6 snRNP-specific cyclophilin SnuCyp-20 | ||||||
![]() | SNUCYP-20 | ||||||
![]() | ISOMERASE / SNUCYP-20 / CYCLOPHILIN / SNRNP / SPLICEOSOMAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() U4/U6 snRNP / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / ribonucleoprotein complex binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex ...U4/U6 snRNP / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / ribonucleoprotein complex binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / protein-containing complex assembly / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reidt, U. / Reuter, K. / Achsel, T. / Ingelfinger, D. / Luehrmann, R. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Human U4/U6 Small Nuclear Ribonucleoproteinparticle-Specificsnucyp-20, a Nuclear Cyclophilin 著者: Reidt, U. / Reuter, K. / Achsel, T. / Ingelfinger, D. / Luehrmann, R. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 407.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cplS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG6000, 200 MM MGCL2, 100 MM TRISHCL, PH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 12102 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rsym value: 0.053 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Rsym value: 0.115 / % possible all: 98.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 44280 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CPL 解像度: 2→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.191 |