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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qnx | ||||||
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タイトル | Ves v 5, an allergen from Vespula vulgaris venom | ||||||
要素 | VES V 5 | ||||||
キーワード | ALLERGEN (アレルゲン) / ANTIGEN 5 (抗原) / VESPID VENOM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | VESPULA VULGARIS (キオビクロスズメバチ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Henriksen, A. / Gajhede, M. / Spangfort, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2001 タイトル: Major Venom Allergen of Yellow Jackets, Ves V 5: Structural Characterization of a Pathogenesis-Related Protein Superfamily. 著者: Henriksen, A. / King, T.P. / Mirza, O. / Monsalve, R.I. / Meno, K. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Gajhede, M. / Spangfort, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qnx.cif.gz | 56.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qnx.ent.gz | 43.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23862.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) VESPULA VULGARIS (キオビクロスズメバチ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05110 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: 18% PEG6000, 0.1M CITRTE BUFFER PH 5.6 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.959 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.959 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 17809 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 8.3 Å2 / Rsym value: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.178 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 799294.98 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9 Å2 / ksol: 0.365376 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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